Bekir Bayrakdar, 1971 yılında Kocaeli'nin Karamürsel ilçesine bağlı Ereğli beldesinde doğdu. İlk ve orta öğretimini Ereğli İlköğretim okulunda, lise öğrenimini ise İzmit Endüstri Meslek Lisesinde tamamladı. 1995 yılında İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesinden mezun oldu. 1996 yılında Hesap Uzman Yardımcılığına, 2001 yılında Hesap Uzmanlığına atandı. 
28.11.2005 - 29.02.2008 tarihleri arasında Kocaeli Vergi Dairesi Başkanlığı görevini yürüten BAYRAKDAR, 03.03.2008 tarihinden itibaren İstanbul Defterdarı olarak görev yapmıştır. Bayrakdar, 08 Ocak 2014 'te Muhasebat Genel Müdürlüğüne getirilmiştir. 08.01.2015 tarihi itibariyle İstanbul Vergi Dairesi Başkanı olarak görevine devam etmektedir.